有机农业的本质是“尊重自然，顺应自然规律，与自然秩序相和谐”。那么，怎么样做有机农业？有机农业的母体是有机的土地，有机农业的生命是有机的种子。
一、关于土壤
第一、有机基地的标准
基地，是植物的母体。按照国家有机农业标准，有机农业基地的标准有以下五个方面：
一是四周必须具有隔离带的以内的整体区域。也就是我们通常所说的四周要有丘陵、山脉或河流、树林、道路、建筑物的隔离带，它的作用是防止外来漂移物漂移到本区域形成污染，保障这一区域的清洁净化。
二是必须与繁华的都市、工业区和交通要道具有能够避免其漂移物漂移到基地的隔离带，也是为了防止外来漂移物漂移到本区域形成污染，保障这一区域的清洁净化。
三是基地内部与周围不能有污染和污染源，特别是上游或上风口不能有有害物质或有害气体排放。不能有金属或非金属矿山，同样也是为了防止外来漂移物漂移到本区域形成污染，保障这一区域的清洁净化。。
四是生态环境达到国家二级标准以上，空气清爽，水质纯净。具有自然天敌等自然因子对病虫害的控制和预防能力。
五是土壤未受污染或污染程度较轻，土壤中不能有严重的农药残留、化肥、重金属的污染，环境质量符合GB15618——2018的规定，同时具有较高的肥力和保持肥力的有机肥源。
第二、基地转换
申请有机产品认证，需要二年的有机转换期，这二年内必须按照国家有机标准进行操作，但生产的产品不能以有机产品销售，因为，这二年叫有机转换期，为什么？有五个方面;
一是土地残留物质的分解和土壤肥力的培养。在长期的农业生产中，向土地投入了大量的的化肥、农药、除草剂和硝酸盐等对土壤有危害的物质，这些物质不可能在短期内全部消解，所以，国家规定要经过24个月的转换期。
二是生产技术的改进和完善。有机农业禁止使用各种化学物质，要求按照有机农业生产技术规程进行操作，才能实现转换的目的。
三是环境建设。生物与环境之间存在着复杂的物质交换和能量流动的关系，不同的环境孕育了有益的和有害的生物群体，二者不断相互作用，协同进化。既有独立的成分，又密切相融。生物不断地利用环境资源，又不断地分解动植物废弃物和残体，使之重新回到环境中，对环境进行补偿，使得生态系统保持一定的平衡，以保证生物的再生。常规农业以化学防治病虫害为主要手段，而有机农业生态系统良性循环的核心，是利用自然天敌防治病虫害，因此必需经过一段时间的建设，才能逐步改善和建立起平衡的生态环境。所以，国家规定种植业需要经过二年的有机标准操作，第三年才能进入有机期,生产的产品才能认证为有机产品。
四是土壤的培肥。土壤深耕后，要增施有机肥，进行秸秆还田、残茬覆盖、等高种植、种植绿肥等生物技术，使土壤不断风化、培熟，改善土壤理化性状。增加土壤微生物的数量和活力，使土壤形成一个真正的生命体。
五是土壤具有自养能力。土地有其自身的新陈代谢、营养循环和能量流动，微生物是完成土壤生命活动的物质基础，为其创造良好的通透性和酸碱度等土壤环境，以提高土壤的自养能力。以上，是有机农业对母亲的要求，也叫对“家”的要求。
二、关于种子
种子是植物特有的繁殖器官，植物生命体来自于种子，没有种子，就不会有植物。种什么种子长什么作物，这就说明种子是决定植物性质的内在因子，是相关作物生长各项技术措施的核心载体，更是决定农作物品质的关键因素。
无论原始农业、传统农业、现代农业以及未来农业，都不能离开优良的种子。那么有机农业的作物对种子有什么要求呢？
有机农业作物要求运用非转基因种子，尤其是原始和传统的、通过提纯复壮的地道品种种子，目的是保证作物和产品的本来品质营养和质量安全。这里特别强调坚决杜绝使用转基因种子，这是因为：
在有机农业生产中，禁止使用“转基因”物质，是世界各国有机组织共同表决签署的决定，在有机农业生产中，对转基因做了明确的说明，GB/T19630.1-2005“4.1.6?转基因”部分要求：“禁止在有机生产体系或有机产品中引入或使用转基因生物及其衍生物，包括植物、动物、种子、成分划分、繁殖材料及肥料、土壤改良物质、植物保护产品等农业投入物质。存在平行生产的农场，常规生产部分也不得引入或使用转基因生物。”?
这就要求我们在有机农业生产中，必须遵循这个决定。为什么要作出这个决定呢？是因为：
转基因种子，是利用基因工程技术改变基因组构成并用于农业生产的种子。科学研究成果表明：转基因存在巨大的不可控性，会产生不可预见的基因突变和危害，造成未知疾病；而且会产生抗生素耐药性及新的毒素，增加人体的过敏反应，并减少食品的营养价值和重要成份，特别是对儿童的生长发育会造成严重损害。
2011年，美国一些动植物学家用电子显微镜发现了孟山都抗草甘膦转基因大豆和玉米中有一种病原体，可使动、植物都致病并绝种。有报告称：转基因作物的花粉飘移污染，会杀死蜜蜂和蝴蝶。转基因作物的特性和毒性，会给相邻植物带来灭顶之灾，破坏生物多样性。
转基因种子有三个主要特点：一是对原始和传统的农作物具有灭绝作用，一旦种植了转基因作物，原始和传统的农作物将从此灭绝；二是转基因产品都是绝育产品，不能像原始和传统的农作物那样，可以用粮食作为种子，而只能每年购买新种子；三是对农药化肥具有特殊要求，只能使用转基因种子公司指定的农药化肥。
自然界里从来没有过转基因生物。它属于一种新生的外来物种。转基因的外源基因材料可透过胎盘进入未出生婴儿的胚胎，以及转移进性细胞，影响后代遗传。南京大学张辰宇教授团队重大发现证明：植物所含微小核糖核酸能够通过消化道进入人体血液和器官组织，然后通过调控人体内靶基因表达的方式，影响人的生理功能。动物因为吃了转基因的食物而降低了受孕率和产子率的研究表明，转基因食物也必将影响人的正常繁衍。
对有机农业要求运用的非转基因种子进行处理，能够打破部分种子休眠期，为种子提供种肥等营养元素，是增加作物产量、减少病菌病虫危害的重要一环，有机农业生产也不例外。有机农业生产所需要的种子，绝对不能进行农药包衣。在播种前采取下列方法进行处理：
一是冷水浴法。将种子放入人畜饮用水或符合有机生产标准的清水中，饱满的种子颗粒下沉，而瘪籽、病籽以及菌核之类的却漂浮在水面。只需捞出漂浮的种子就达到了选种的目的。
二是热水浴法。一般作物种子放在50℃～54℃的热水中浸泡10分钟即可。
三是盐水浴法。将种子放入盐水中，利用盐水比重大的特点强迫劣种浮出水面。
四是药水浴法。在水中加入有机农业生产允许使用的高锰酸钾、木醋液，既能起到选种作用，又能杀死病菌。
总之，基地绝对不能有污染和污染隐患，作物种子绝对不能使用转基因品种，对非转基因种子的处理，绝对不能进行农药包衣，必须严格把握运用冷水、热水、盐水、高锰酸钾药水进行处理。