有机旱作农业追求的目标，是营造良好而平衡的生态环境，培育净化而肥沃的土壤，投入作物生长所需求的安全而营养的肥料，运用人工和机械的操作方法进行除草和管理，生产出“人的健康与生命”所必需的安全、营养的功能性食品，解决好“病从口入”和自然资源永续利用与发展的问题。
发展有机旱作农业，生产有机食品，是顺应党的十九大报告提出的“我国社会主要矛盾已经转化为人民日益增长的美好生活需要和不平衡不充分的发展之间的矛盾”，而实施的一项现代农业工程。需要，是供给侧结构性改革的目的所在，是永续发展的动力和生命。民以食为天，食品安全是天大的事,在生产满足人们对安全、营养的功能性食品需要的新时代，非常有必要认清化学除草剂、化肥、转基因技术、种子、产品对有机旱作“质量农业”和“安全食品”的危害，自觉抵制化学除草剂、化肥、转基因技术、种子的投入行为，遵循有机旱作农业的投入要求，实现由“数量农业”向“质量农业”“安全农业”“品牌农业”的历史性跨越。
化学除草剂及其危害
除草剂是使杂草彻底地或有选择地枯死的药剂。近些年来广泛用于农业除草，节省了大量的人力，在给农业生产带来便利的同时，也带来了巨大的危害。
首先是对环境的危害。在喷施除草剂过程中，由于除草剂的挥发和风力的作用，使部分除草剂成分漂浮于空气中，从而产生空气污染，导致自然植被遭到不同程度的破坏。
除草剂残留药害受土壤酸碱度值和温度等因素的影响，会对敏感的后茬轮作作物产生毒害，甚至发生在施用2至3年后。苄嘧磺隆是大面积施用的内吸型、传导型磺酰脲类除草剂，其极易对生态环境、粮食作物产量、食品安全和人类生存环境带来潜在的危害。
农田环境中有多种害虫和天敌，在自然环境条件下，它们相互制约，处于相对平衡的状态。除草剂的大量使用，也良莠不分地杀死大量害虫天敌，严重破坏了农田生态平衡，并导致害虫抗药性的增强。
除草剂还会降低农作物产品的营养成分含量，从而导致粮食中所含的某一营养成分缺失，人食后不能获得应有的营养。
特别是对人体的危害很大：人在喷洒除草剂时容易污染皮肤，容易发生接触性皮炎,甚至发生灼伤性损害,表现为红斑、水疱、溃疡和坏死等；指甲也可被严重破坏或脱落；一旦污染到眼部，很容易出现羞明、流泪、眼痛、结膜充血和角膜灼伤等病损；吸入呼吸道容易出现鼻血和鼻咽刺激性的喷嚏、咽痛、充血等症状，以及刺激性咳嗽；进入消化系统，早期容易引发恶心、呕吐、腹痛、腹泻及便血,数天后出现黄疸、肝功能异常等肝损害表现,甚至出现肝坏死；进入泌尿系统，容易出现尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状。
人在食用喷施除草剂所产的农产品后，会在人体内蓄积除草剂成分，无论蓄积于哪个脏器，都会给其脏器功能造成有害的影响。
据世界卫生组织和联合国环境署报告，全世界每年有100多万人除草剂中毒，其中10万人死亡。我国每年除草剂中毒事故达近百万人次，死亡约2万多人。1995年9月24日中央电视台报道，广西宾阳县一所学校的学生因食用喷洒过剧毒除草剂的白菜，造成540人集体农药中毒。
化学除草剂成分在人体内不断积累，尽管短时间内也可能不会引起人体出现明显的急性中毒症状，但可产生慢性危害，如：破坏神经系统的正常功能，干扰人体内激素的平衡，影响男性生育力。农药慢性危害会降低人体免疫力，从而影响人体健康，致使其它疾病的发生甚至死亡。
国际癌症研究机构根据动物实验验证，广泛使用除草剂具有明显的致癌性。据估计，美国与化学除草剂有关的癌症患者数约占全国癌症患者总数的20%。
据新浪财经-自媒体综合2018年8月13日报道：美国法院认定除草剂致癌，孟山都被判处2.89亿美元赔偿。在美国，有5000多起类似案例在等待司法程序。
生态，是农业的母体，从生态的角度讲：杂草为作物天敌的多生物提供了食物链和栖息场所，有利于抑制作物的病虫害发生；适当的杂草生长，能够增加土壤孔隙，有利于土壤对光热的吸纳，阳光和雨水一来，地上的杂草会极力储水吸热，杂草和作物由浅而深的根系形成了绵密完整的“地锚”，将水份和光热吸附涵养在土层之中，到干旱和寒冷时再慢慢释放，供作物吸收，这。就是稳产的来源；杂草还能够吸纳空气中的二氧化碳，将之转化为植物所需的能量和营养，也喂养土表和土中的各种生物与微生物；杂草的植被能够减少土壤流失，保护作物的母亲土壤；杂草的热能功能，能够维持土表温度恒定、自动调节湿度，从而加速作物根系的健康生长，增强吸收养分的能力；杂草还能增加土壤有机质、截留土壤中的矿物质，从而提升产品的本来风味，之所以人们称田间中有一定杂草的传统种植出来的产品叫土特产品，也就是我们今天追求的安全、营养的地道产品。
当然作物之间的杂草太茂盛，对植物也是不利的。所以，有机旱作农业要求保护生态，采取人工或机械的方式进行除草，是保护生态、保护土壤、生产有机产品的起码要求。
化肥及其危害
化肥是用化学和（或）物理方法制成的含有一种或几种农作物生长需要的营养元素的肥料。也称无机肥料，包括氮肥、磷肥、钾肥、微肥和复合肥料等。化肥成分单纯，养分含量高，肥效快，肥劲猛，是作物所需含量高的养分，由于是水溶性或弱酸溶性，施入土壤后能迅速被作物吸收利用，促进作物生长，在实现粮食增产中发挥着重要的作用。
但化肥不含有机质，只含一种或两三种养分。长期大量施入，具有以下八方面的危害：
一是化肥从原料开采到加工生产,会给化肥带进一定量的重金属元素或有毒物质，其中磷肥的生产原料为磷矿石,它含有大量的有害元素氟和砷,同时磷矿石的加工过程还会带进铬、汞、砷、氟等重金属。另外,利用废酸生产的磷肥中还会带有三氯乙醛,对作物是具有毒害的。
二是化肥致使微生物活性降低。微生物是个体小而能量大的活体,它们既是土壤有机质转化的执行者,又是植物营养元素的活性库 ,具有转化有机质、分解矿物和降解有毒物质的作用。而化肥会不同程度地毒死微生物。
三是通常施用的化肥以氮肥为主,长期施用，会造成土壤营养失调,加剧土壤磷、钾的耗竭,导致销态氮累积。硝态氮本身无毒,但若未被作物充分同化，可使其含量迅速增加,摄入人体后被微生物还原为二氧化氮,使血液的载氧能力下降,诱发高铁血红蛋白血症,严重时可使人窒息死亡。同时,硝态氮还易在体内转变成致癌物质亚硝胺,诱发各种消化系统癌变。
四是长期施用化肥会加速土壤酸化。一方面与氮肥在土壤中的硝化作用产生硝酸盐的过程相关，首先是铵转变成亚硝酸盐,然后亚硝酸盐再转变成硝酸盐,形成氢离子,导致土壤酸化。另一方面,一些生理酸性肥料,比如磷酸钙、硫酸铵、氯化铵在植物吸收肥料中的养分离子后,土壤中氢离子增多,土壤的酸化与生理性肥料长期施用有关。同时,长期施用氯化钾,因作物选择吸收所造成的生理酸性的影响,易使缓冲性小的中性土壤逐渐变酸。此外,氮肥在通气不良的条件下,容易进行反硝化作用,以氨气、氮气进入大气,大气中的硝酸铵可经过氧化与水解作用转化成硝酸,降落到土壤中引起土壤酸化。土壤酸化后可加速钙、镁从耕作层淋溶,从而降低盐基饱和度和土壤肥力。
五是污染环境。专家曾做过这样的调查：大气里面随着降雨、风尘暴等自然现象降下来的氮素，1公顷可以达到80公斤。过多施用的肥料量超过土壤的保持能力时，就会流入周围的水中，形成农业面源污染。过量施入的化肥，会渗入20米以内的浅层地下水中，使得地下水硝酸盐含量增加，长期饮用硝酸盐多的水，危害人体健康。
六是化肥中不含有机质、腐殖质，长期施入化肥，土壤有机质和腐殖质会缺乏，导致土壤团粒结构遭到破坏，化肥对土壤中的有益菌、蚯蚓等的毒死，造成土壤板结，雨水和光热不能渗入，致使农作物产量下降。产量越下降，就越增施化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。
七是由于作物不仅仅需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥只含有的氮、磷、钾等一些化学物质易被土壤固结,使各种盐分在土壤中积累,造成土壤养分失调,土壤中的有害重金属含量和有害病菌量超标,导致土壤性状恶化,使得作物体内部分物质转化合成受阻,使农产品品质降低、原味变异；性状低劣,容易腐烂。
八是危害人体健康。大量施用化肥，容易使作物产品中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致癌物质。
有机质是土壤健康和肥力的核心,所以，有机旱作农业要求施入绿肥和腐熟的农家肥。
转基因及其危害
目前，市场上的转基因品种有：玉米种子、大豆种子、番茄种子等，最近，中央电视台报道：患癌与转基因大豆油密切相关。在有机旱作农业的过程中，必须引起高度的警觉，杜绝转基因技术、种子及产品的流入。因为:
转基因技术是通过不同物种之间基因的重新组合，改变原有生物的自然特性，使其成为一种人造生物。比如：将细菌中的有毒基因（简称铂）经人工合成后，插入到某作物的遗传基因中，使某作物自己产生铂抗虫毒素，杀死一些以谷物为食的昆虫。把一些高蛋白或生长快等基因,通过基因工程加入到正常作物或家畜等的体内，改良它们的品质或营养价值。
转基因种子，是利用基因工程技术改变基因组构成并用于农业生产的种子。转基因作物有三个主要特点：一是对原始和传统的农作物具有灭绝作用，一旦种植了转基因作物，原始和传统的农作物将从此灭绝；二是转基因产品都是绝育产品，不能像原始和传统的农作物那样，可以用粮食作为种子，而只能每年购买新种子；三是对农药化肥具有特殊要求，只能使用转基因种子公司指定的农药化肥。
自然界里从来没有过转基因生物。它属于一种新生的外来物种。转基因的外源基因材料可透过胎盘进入未出生婴儿的胚胎，以及转移进性细胞，影响后代遗传。南京大学张辰宇教授团队重大发现证明：植物所含微小核糖核酸能够通过消化道进入人体血液和器官组织，然后通过调控人体内靶基因表达的方式，影响人的生理功能。动物因为吃了转基因的食物而降低了受孕率和产子率的研究表明，转基因食物也必将影响人的正常繁衍。
根据科学研究成果：转基因技术存在巨大的不可控性，会产生不可预见的基因突变和危害，造成未知疾病；而且会产生抗生素耐药性及新的毒素，增加人体的过敏反应，并减少食品的营养价值或重要成份，特别是对儿童的生长发育造成严重损害。
2011年，美国一些动植物学家用电子显微镜发现了孟山都抗草甘膦转基因大豆和玉米中有一种病原体，可使动、植物都致病并绝种。有报告称：转基因作物的花粉飘移污染，会杀死蜜蜂和蝴蝶。转基因作物的特性和毒性，会给相邻植物带来灭顶之灾，破坏生物多样性。
有机旱作农业杜绝运用转基因种子，要求运用非常转基因种子，尤其是原始和传统的、通过提纯复壮的地道品种种子，以保证作物和产品的本来品质营养和质量安全。