（一）两者的涵义和构成要素不同
宗教既是一种思想信仰，属于社会的意识形态上层建筑范畴，又是一种社会实体，属于社会组织范畴。邪教则是特指一类邪恶的说教、邪恶的势力。邪教的“教”只是其外在形式，“邪”才是其内在本质，它冒充、反对、损害和败坏宗教，所以，邪教绝不是宗教。
（二）两者的本质不同
宗教的本质是人们一种思想信仰和精神寄托，是人们对超人间力量的一种敬畏和崇拜。而邪教的本质在于“邪”，它讲歪理邪说，行邪门歪道，借以骗人、害人，是对人们思想信仰和精神寄托的一种亵渎和欺骗。
（三）两者宣传的“末日论”不同
许多宗教都有“末日论”的理论和信仰，但是都没有明确的具体时间，是一种抽象的“末日论”。而所有邪教的“末日论”却都是一种具体的“末日论”。
（四）两者的宗旨不同
宗教除了具有对神的虔诚信仰以为，还倡导信徒融于社会，服务社会，造福人群，维护社会和谐，拥护中国共产党的领导，拥护社会主义制度。如佛教的“庄严国土，利乐有情”，天主教、基督教的“荣神益人”，道教的“慈爱和同、济世度人”，伊斯兰教的“两世吉庆”等，这些说法虽然不尽相同，但都是引导信徒与社会主义社会相适应。宗教还教化人、引导人重视情操修养，提倡抑恶向善，以和为贵、平为重、安为福，亲朋相交有礼为造化，以安分守己为行为准则，教人向善，慈俭济人，睦邻和亲，奉献社会。而邪教则是披着宗教的外衣，以健身祛病为名，借用宗教的某些词语欺世盗名，蒙骗群众，行邪作恶，聚众闹事，骗取钱财，制造混乱，并编造一些歪理邪说控制人们的精神，致使信徒六亲不认，心理失常，轻生厌世。邪教的本质是反社会的，它们蛊惑煽动成员仇视社会，危害社会，甚至带有政治野心，鼓吹、煽动推翻中国共产党的领导和社会主义制度。
（五）两者对神与人的关系上不同
宗教信仰和崇拜的对象是各个宗教特定的神，是固定不变的。宗教信仰反对人自比神明和自吹具有“神力”。宗教人员如主教、神甫、道士、僧侣、牧师、阿訇等，即使再有权威，都不得冒充也不得自称为上帝、安拉、神、佛祖，也绝不会任意凌驾其上。邪教崇拜的则是教主本人。邪教头子总是冒用神的名义，自称是神的“替身”、“代表”或“仆人”，是神的“肉身再现”，只有他可以与神沟通，他才是至高无上的“神”、“主”、“活基督”，是世界的创造者、主宰者和救世主，并吹嘘自己有种种超常、特异的能力，神化自己，使成员产生神秘、敬畏感，对他顶礼膜拜和盲目服从，从而达到对成员精神控制的目的。有的邪教宣扬《圣经》中提到的耶和华的“法律时代”和耶稣的“恩典时代”已经过去，“全能神”统治的“国度时代”已经来临，只有信“全能神”才能得救。有的邪教先把自己伪装成基督教，与基督教拉上关系以后逐步蛊惑他们去信新的“神”、“实际的神”，或者从私设聚会点入手，侵蚀、瓦解、演化基督教徒。
（六）两者的信仰自由权利不同
对于宗教，人们有信仰宗教的自由，也有不信仰宗教的自由。而邪教信徒的信仰却不是自由的。邪教都有严密的组织控制，且是封闭式的，实行精神控制，崇拜教主。邪教的信仰是排他的、消除异己的，是害怕其他信仰和自由的，是无视和践踏人权的。